Pour utiliser le mode Ultra-ATA(66 ou 100 si votre carte est supportées par le kernel) il faut :

1. recompiler votre kernel avec le support de votre carte Ultra-ATA, cela se trouve dans ATA/IDE/MFM/RLL support, puis ATA, IDE and ATAPI block devices, enfin il faut sélectionner Include IDE/ATA-2 disk support, et le support du chipset de votre carte (moi j'ai une carte mere freetech avec un chipset VIA KT133 j'ai donc inclu le support VIA82cxxx chipset support.
2. vous ajoutez une ligne : append="ide0=ata66 ide1=ata66" (ou ata100 si votre disque/chipset le supporte) dans /etc/lilo.conf pour le nouveau noyau que vous venez de compiler. Puis vous rebootez votre systeme (garder votre ancien noyau actif, au cas ou).

Après le reboot, vous pouvez vérifier que votre système utilise bien l'Ultra-ATA66 en faisant :
dmesg | grep -i -e dma

Moi j'obtiens :

VP_IDE: VIA vt82c686a IDE UDMA66 controller on pci0:20.1
ide0: BM-DMA at 0xd400-0xd407, BIOS settings: hda:DMA, hdb:pio
ide1: BM-DMA at 0xd408-0xd40f, BIOS settings: hdc:DMA, hdd:DMA
hda: 39102336 sectors (20020 MB) w/2048KiB Cache, CHS=2434/255/63, UDMA(66)
hdc: 8467200 sectors (4335 MB) w/96KiB Cache, CHS=8400/16/63, DMA
hdd: ATAPI 32X CD-ROM drive, 256kB Cache, UDMA(33)

j'ai donc un disque Ultra-ATA66 et un disque standard.